Здравствуйте.
После задания дозы и нажатия кнопки Пуск/Стоп (или прямом пуске с управляющего устройства) заданная доза должна сбрасываться на "ноль" (контроллер переходит в Пуск), а на индикаторе внешнего устройства в строке состояние появляется надпись "Пуск", у Вас это происходит? Если происходит, то значит контроллер перешел в режим пуск, а неисправность имеет аппаратный характер (смотреть предохранители на фазах, твердотельные реле), если не происходит - неисправность имеет программный характер (некоректное программирование ячеек памяти, сбои при работе контроллера - которые приводят к сбоям в программе), в этом случае нужно очистить микросхему памяти FM24C16 на программаторе, если нет возвожности записать значение FFh в ячейку 2Eh (установка заводских значений) и если не помогает желательно перепрошить основной процессор AT89C51ED2.
При грозе или частых перебоев питания возможна некоректная работа контроллера (программы), в таких случаях лучше всего просто выключать питание контроллера, устнаваливать источник бесперебойного питания или стабилизатор напряжения и через них запитывать контроллер.